Územie európskeho významu je druh chráneného územia sústavy Natura 2000, ktoré je vyhlásené na ochranu prírodných biotopov, voľne žijúcich živočíchov a voľne rastúcich rastlín podľa smernice Európskej komisie o stanovištiach (92/43 / EHS) z 21. mája 1992.
Bešiansky polder
Kód územia: SKUEV0012
Rozloha: 2,74 ha
Katastrálne územie: Beša
Predmetom ochrany sú – biotopy európskeho významu: Oligotrofné a mezotrofné stojaté vody s vegetáciou tried Littorelletea uniflorae a/alebo Isoeto-Nanojuncetea a druhy európskeho významu: kunka červenobruchá (Bombina bombina) a marsilea štvorlistá (Marsilea quadrifolia).
Bodrog
Kód územia: SKUEV0236
Rozloha: 107,03 ha
Katastrálne územie: Borša, Klin nad Bodrogom, Ladmovce, Nová Vieska pri Bodrogu, Streda nad Bodrogom, Véč, Viničky, Zemplín
Predmetom ochrany sú – biotopy európskeho významu: Lužné vŕbovo – topoľové a jelšové lesy a Nížinné až horské vodné toky s vebgetáciou zväzu Ranunculion fluitantis a Callitricho-Batrachion a druhy európskeho významu: lopatka dúhová (Rhodeus sericeus amarus), korýtko riečne (Unio crassus), hrúz bieloplutvý (Gobio albipinnatus), hrebenačka pásavá (Gymnocephalus schraetser) a kolok veľký (Zingel zingel).
Boršiansky les
Kód územia: SKUEV0034
Rozloha: 7,93 ha
Katastrálne územie: Borša
Predmetom ochrany sú – biotopy európskeho významu: Lužné vŕbovo – topoľové a jelšové lesy a druhy európskeho významu: kunka červenobruchá (Bombina bombina), roháč obyčajný (Lucanus cervus), netopier brvitý (Myotis emarginatus) a korýtko riečne (Unio crassus).
Čičarovský les
Kód územia: SKUEV0007, SKUEV1007
Rozloha: 90,75 ha
Katastrálne územie: Čičarovce
Predmetom ochrany sú – biotopy európskeho významu: Karpatské a panónske dubovo – hrabové lesy, Lužné vŕbovo – topoľové a jelšové lesy a Lužné dubovo – brestovo – jaseňové lesy okolo nížinných riek a druhy európskeho významu: kunka červenobruchá (Bombina bombina) a vážka Leucorrhinia pectoralis.
Horešské lúky
Kód územia: SKUEV0030
Rozloha: 84,43 ha 
Katastrálne územie: Malý Horeš, Strážne
Predmetom ochrany sú – biotopy európskeho významu: Suchomilné travinnobylinné porasty na vápnitých pieskoch a Panónske travinnobylinné porasty na pieskoch a druhy európskeho významu: kunka červenobruchá (Bombina bombina), syseľ pasienkový (Spermophilus citellus), pichliač úzkolistý (Cirsium brachycephalum) a poniklec lúčny maďarský (Pulsatilla pratensis subsp. hungarica).
Kováčske lúky
Kód územia: SKUEV0329
Rozloha: 146,37 ha 
Katastrálne územie: Borša, Klin nad Bodrogom
Predmetom ochrany sú – biotopy európskeho významu: Lužné vŕbovo – topoľové a jelšové lesy, Oligotrofné a mezotrofné stojaté vody s vegetáciou tried Littorelletea uniflorae a/alebo Isoeto-Nanojuncetea, Prirodzené eutrofné a mezotrofné stojaté vody s vegetáciou plávajúcich a/alebo ponorených cievnatých rastlín typu Magnopotamion alebo Hydrocharition a Aluviálne lúky zväzu Cnidion venosi a druhy európskeho významu: kunka červenobruchá (Bombina bombina), ohniváčik veľký (Lycaena dispar), korýtko riečne (Unio crassus).
Ladmovské vápence
Kód územia: SKUEV0032
Rozloha: 332,23 ha
Katastrálne územie: Ladmovce
Predmetom ochrany sú – biotopy európskeho významu: Suchomilné travinnobylinné a krovinové porasty na vápnitom podloží (*dôležité stanovištia Orchidaceae), Subpanónske travinnobylinné porasty, Xerotermné kroviny a Teplomilné panónske dubové lesy a druhy európskeho významu: kunka červenobruchá (Bombina bombina), roháč obyčajný (Lucanus cervus), ohniváčik veľký (Lycaena dispar), poniklec veľkokvetý (Pulsatilla grandis), fúzač veľký (Cerambyx cerdo), mlynárik východný (Leptidea morsei), kosatec bezlistý uhorský (Iris aphylla subsp. hungarica) a kobylka štysova (Isophya stysi).
Latorica
Kód územia: SKUEV0006
Rozloha: 7501,4 ha
Katastrálne územie: Bačka, Beša, Boľ, Boťany, Brehov, Čičarovce, Čierna, Kapoňa, Kapušianske Kľačany, Kucany, Leles, Oborín, Poľany, Ptrukša, Rad, Soľnička, Svätá Mária, Veľké Kapušany, Zatín, Zemplín, Svinice, Vojka
Predmetom ochrany sú – biotopy európskeho významu: Lužné vŕbovo – topoľové a jelšové lesy, Oligotrofné a mezotrofné stojaté vody s vegetáciou tried Littorelletea uniflorae a/alebo Isoeto-Nanojuncetea, Prirodzené eutrofné a mezotrofné stojaté vody s vegetáciou plávajúcich a/alebo ponorených cievnatých rastlín typu Magnopotamion alebo Hydrocharition, Aluviálne lúky zväzu Cnidion venosi, Nížinné a podhorské kosné lúky, Lužné dubovo – brestovo – jaseňové lesy okolo nížinných riek a Karpatské a panónske dubovo – hrabové lesy a druhy európskeho významu: kunka červenobruchá (Bombina bombina), vydra riečna (Lutra lutra), ohniváčik veľký (Lycaena dispar), netopier pobrežný (Myotis dasycneme), lopatka dúhová (Rhodeus sericeus amarus), modráčik krvavcový (Maculinea teleius), korýtko riečne (Unio crassus), kolok vretenovitý (Zingel streber), hrúz Kesslerov (Gobio kessleri), mlynárik východný (Leptidea morsei), čík európsky (Misgurnus fossilis), hrebenačka vysoká (Gymnocephalus baloni), hrúz bieloplutvý (Gobio albipinnatus), mlok dunajský (Triturus dobrogicus), pĺž zlatistý (Sabanejewia aurata), boleň dravý (Aspius aspius), hrebenačka pásavá (Gymnocephalus schraetser), šabľa krivočiara (Pelecus cultratus), korytnačka močiarna (Emys orbicularis), kolok veľký (Zingel zingel), marsilea štvorlistá (Marsilea quadrifolia), hrúz fúzatý (Gobio uranoscopus) a pimprlík mokraďný (Vertigo angustior).
Oborínske jamy
Kód územia: SKUEV0038
Rozloha: 8,43 ha
Katastrálne územie: Oborín
Predmetom ochrany sú – biotopy európskeho významu: Lužné vŕbovo – topoľové a jelšové lesy, Oligotrofné a mezotrofné stojaté vody s vegetáciou tried Littorelletea uniflorae a/alebo Isoeto-Nanojuncetea a druhy európskeho významu: kunka červenobruchá (Bombina bombina) a marsilea štvorlistá (Marsilea quadrifolia).
Oborínsky les
Kód územia: SKUEV0037
Rozloha: 9,82 ha
Katastrálne územie: Oborín
Predmetom ochrany sú – biotopy európskeho významu: Lužné dubovo – brestovo – jaseňové lesy okolo nížinných riek.
Tarbucka
Kód územia: SKUEV0019
Rozloha: 171,56 ha
Katastrálne územie: Streda nad Bodrogom, Veľký Kamenec
Predmetom ochrany sú – biotopy európskeho významu: Prirodzené eutrofné a mezotrofné stojaté vody s vegetáciou plávajúcich a/alebo ponorených cievnatých rastlín typu Magnopotamion alebo Hydrocharition, Panónske travinnobylinné porasty na pieskoch a Xerotermné kroviny a druhy európskeho významu: kunka červenobruchá (Bombina bombina), roháč obyčajný (Lucanus cervus), ohniváčik veľký (Lycaena dispar), korytnačka močiarna (Emys orbicularis), kosatec bezlistý uhorský (Iris aphylla subsp. hungarica) a poniklec lúčny maďarský (Pulsatilla pratensis subsp. hungarica).
Veľký kopec
Kód územia: SKUEV0029
Rozloha: 25,13 ha 
Katastrálne územie: Kráľovský Chlmec
Predmetom ochrany sú – biotopy európskeho významu: Suchomilné travinnobylinné a krovinové porasty na vápnitom podloží (*dôležité stanovištia Orchidaceae) a Panónsko – balkánske cerové lesy a druhy európskeho významu: roháč obyčajný (Lucanus cervus), poniklec veľkokvetý (Pulsatilla grandis) a kosatec bezlistý uhorský (Iris aphylla subsp. hungarica).