Flóra na území CHKO Latorica je veľmi rozmanitá. Podľa fytogeografického členenia Slovenska patrí územie CHKO do oblasti panónskej flóry (Pannonicum), do obvodu eupanónskej xerotermnej flóry (Eupannonicum) a do okrsku Východoslovenská nížina. Vegetácia CHKO sa vyznačuje zastúpením rôznych rastlinných spoločenstiev (biotopov) s pomerne veľkou druhovou diverzitou.
V centrálnej časti CHKO, v tesnej blízkosti nížinných riek sa zachovali fragmenty veľmi hodnotných lužných lesov, mozaikovito popretkávaných sieťou slepých a mŕtvych ramien, močiarov a terénnych depresií, s výskytom vzácnych a zákonom chránených druhov, ako bleduľa letná (Leucojum aestivum), králik neskorý (Leucanthemella serotina), či panónsky subendemit chren veľkoplodý (Armoracia macrocarpa). Vo východnej časti CHKO v lužných lesoch sa vyskytuje vzácny východopanónsky subendemit bleduľa jarná karpatská (Leucojum vernum subsp. carpaticum).
Bleduľa jarná, foto: M. Balla
Bleduľa letná, foto: M. Balla
Najvýznamnejším fenoménom CHKO sú zriedkavé a mimoriadne vzácne vodné a močiarne rastlinné spoločenstvá, ktoré v mnohých smeroch nemajú na Slovensku obdobu. Druhové zloženie týchto rastlinných spoločenstiev je veľmi rôznorodé. Prevládajú vlhkomilné až močiarne druhy, ako je lekno biele (Nymphaea alba), leknica žltá (Nuphar lutea), rezavka aloovitá (Stratiotes aloides), salvínia plávajúca (Salvinia natans), kotvica plávajúca (Trapa natans) a kriticky ohrozené (CR) a zákonom chránené druhy, ako iskerník bočnokvetý (Ranunculus lateriflorus), elatinka kuričkovitá (Elatine alsinastrum), hviezdovec bodkovaný (Galatella punctata). Jedinečný výskyt na Slovensku tu má vodná papraď marsilea štvorlistá (Marsilea quadrifolia), ktorá spolu s kriticky ohrozeným druhom lindernia puzdierkatá (Lindernia procumbens) je zaradená medzi druhy európskeho významu.
Marsilea štvorlistá, foto: M. Balla
Salvínia plávajúca, foto: M. Balla
Elatinka kuričkovitá, foto: M. Balla
V spoločenstvách vlhkomilných lúk sa vyskytujú ďalšie vzácne druhy, a to kriticky ohrozené druhy: korunkovka strakatá (Fritillaria meleagris), vstavač úhľadný (Orchis elegans), čertkusok prehnutý (Succisella injlexa); či ohrozené druhy: cesnak hranatý (Allium angulosum), žerucha malokvetá (Cardamine parviflora), horec pľúcny (Gentiana pneumonanthe), graciola lekárska (Gratiola officinalis), starček erukolistý úzkolistý (Senecio erucifolius subsp. tenufolius), kostihoj močiarny (Symphytum tanaicense), žltuška lesklá (Thalictrum lucidum).
Graciola lekárska, foto: M. Balla
Korunkovka strakatá, foto: M. Balla
Vstavač úhľadný, foto: M. Balla
Nájdu sa tu však aj vyslovene xerotermné spoločenstvá viažuce sa na miesta s hlbokou hladinou podzemnej vody a drobné pieskové duny. V suchomilných a pieskomilných spoločenstvách CHKO sa vyskytujú vzácne a ohrozené druhy, ako napr. gypsomilka metlinatá (Gypsophila paniculata), klinček Pontederov (Dianthus pontederae), či šedivka sivá (Berteroa incana). Bezpochyby najvýznamnejšie sú však východopanónske endemity poniklec Zimmermannov (Pulsatilla zimmermannii) a poniklec lúčny pestrastý (Pulsatilla pratensis subsp. flavescens), ktorý je zároveň zaradený medzi druhy európskeho významu. Jedinečný výskyt v rámci východného Slovenska tu má ohrozený a zákonom chránený druh klinček neskorý (Dianthus serotinus).
Klinček Pontederov, foto: M. Balla
Gypsomilka metlinatá, foto: M. Balla
Poniklec Zimmermanov, foto: M. Balla
Na vápnitom podklade sa vyskytujú druhy európskeho významu: poniklec veľkokvetý (Pulsatilla grandis) a kosatec bezlistý uhorský (Iris aphylla subsp. hungarica, a ďalšie, mnohé zákonom chránené druhy, ako hlaváčik jarný (Adonis vernalis), vstavač purpurový (Orchis purpurea), vstavač obyčajný (Orchis morio), prilbovka biela (Cephalanthera damasonium), prilbovka červená (Cephalanthera rubra), rumenica nepravá bradavičnatá (Onosma pseudoarenaria ssp. tuberculata), zvonček sibírsky (Campanula sibirica), večernica smutná (Hesperis tristis), mliečnik mnohofarebný (Tithymalus epithymoides), viaceré druhy záraz (Orobanche sp.), čerešňa krovitá (Cerasus fruticosa) a ďalšie.
Kosatec bezlistý uhorský, foto: M. Balla
Hlaváčik jarný, foto: M. Balla